Bitopní nádrž svým obsahem odpovídá některému z biotopů, z něhož ryby a rostliny pocházejí. Biotop je ohraničený životní prostor společenství ryb a rostlin například horský potok, pouštní jezírko či korálový útes.
Protože nelze všechny faktory v akváriu napodobit přesně tak, aby byly stejné jako v domovině ryb, zůstane biotopní akvárium vždy nedokonalé. Kdybychom chtěli sestavit biotopní akvárium skutečně co nejvěrněji bude většinou neestetické. Například v akváriu se skalárami nebo terčovci bychom nemohli pěstovat žádné rostliny, protože v biotopech těchto ryb žádné nejsou. Ne proto, že je tam nevhodná voda, ale tyto ryby žijí v ramenech řek a v jezerech v nichž se v době dešťů zvyšuje stav vody o 12 až 17 metrů. Rostliny by se pak dostali do takové hloubky, ve které nemohou přežít. Navíc se v průběhu roku biotop skalár a terčovců z důvodu kolísání hladiny mění. Od srpna do ledna žijí na některých místech v hlavním korytě řeky. V době deštů po zaplavení pralesa odplouvají mezi bohatou vegetaci, na ní se třou a zde také odchovají potěr. V listopadu při nejnižším stavu vody se dají terčovci chytat po tisících. Všichni jsou dospělí ve velikosti asi 10 cm a nenajdeme mezi nimi jediné mládě. Žádné rostliny nerostou ani v mnoha afrických jezerech.
A podobně je to i s mnoha jinými biotopy. Napříklád, kdybychom chtěli chovat neonky červené a případně další tetry v biotopním akváriu, museli bychom v něm mít tmavě hnědou rašelinovou vodu s odumřelými kořeny na dně a bez rostlin. Z těchto důvodů se bitopní akvária většinou nezaměřují na jeden konkrétní biotop, ale na trošku širší oblast biotopů. Můžeme se pokusit založit a upravit akvárium tak, aby rostlinami a rybami přibližně odpovídalo určité územní oblasti (například severoamerické, středoamerické či jiné). Biotopní akvária tedy zakládáme podle obecných a méně přesných údajů. Například u ryb s Amazonie budeme pěstovat rostliny, které v Amazonii sice rostou, i když na poněkud jiných biotopech. Snažíme se tedy chovat ryby ve společnosti rostlin, které pocházejí z přibliženě stejné zeměpisné oblasti.
Pro akvaristiku jsou významné tyto biotopy, respektive oblasti biotopů:
- palearktická oblast - Evropa, severní Amerika, mírné pásmo Asie včetně Japonska
- orientální oblast - celá tropická část Asie včetně Filipín a Indonesie
- australská oblast - Austrália Nová Guinea, Západní Iran
- africká oblast - tropická Afrika
- neotropická oblast - tropická část střední a jižní Ameriky
Zastánci biotopních akvárií kritizují především nádrže osazené rostlinami z celého světa, kde se prohánějí vedle sebe tetrovité rybky z Jižní Ameriky, parmičky z Asie a třeba ještě halančíci z Afriky. Nicméně pokud Akvárium sestavíme z rybek, které vyžadují podobné životní podmínky, tak rybky budou přesto spokojené. Samotné rybě nebude vadit že se potkává s rybami z druhého konce světa. Jsou tedy akvaristi, kteří na biotopní akvária nedají dopustit a naopak jsou akvaristi, kterým to připadné zbytečné a vidí opodstatnění těchto akvárií spíše v botanických a zoologických zahradách, kde je dobré ukázat dané biotopy vedle sebe.